扁竹兰根状茎直径4-7毫米,颜色为黄褐色,节与节之间间隔较长,须根大多都分枝。而鸢尾根状茎较粗壮,直径为1厘米,颜色为黄绿色,须根很细很短。
扁竹兰茎干直立在地面上,呈扁圆柱形。叶子大概10片左右,黄绿色,无明显纵脉。而鸢尾的茎干稍微弯曲,中间部位略宽,斜伸地面。叶片也是黄绿色,有数条不明显的纵脉。
扁竹兰花为浅蓝色或者白色,直径5-5.5厘米,花梗与苞片长短几乎一致,花被管长1.5厘米。而鸢尾花为蓝紫色,直径约10厘米,花梗较短,花被管细长,大概3厘米。
扁竹兰果实呈椭圆形,表面有网状的脉纹及6条明显的肋。而鸢尾的果实为长椭圆形或倒卵形,有6条明显的肋。